合川古名垫江（原为亵江，取嘉、涪二江在城北鸭咀的汇合之水如衣重叠之意，《汉书·地理志》误记为垫江并沿袭至今），在巴人入川前是濮族人主要居住地，合川古城邑“巴子城”（今城区铜梁山下）曾是巴国别都。公元前314年始设垫江县，县域辖今合川、武胜、铜梁、安岳、岳池县地，隶属巴郡，治所在今合川。
南朝元嘉年代升垫江县为宕渠郡，西魏恭帝三年（556年）改为合州，辖垫江、清居、东遂宁、怀化4郡及郡属石镜（合川）、汉初（武胜）、清居（南充市南）、方义（遂宁城区）、德阳（遂宁市中区东南）、长江（蓬溪）、始兴潼南7县。
隋开皇十八年（598）年，合州更名涪州，大业三年（607年）又改名涪陵郡，唐武德元年（618年）复名合州。宋淳祜三年（1234年）为抗蒙兵，在州城之东5公里的钓鱼山筑新城，州治所迁居钓鱼城。元至元二十年（1283）年返回原址。以后，合州辖县陆续划出，至清雍正六年（1728年）成为不再辖县的单州，属重庆府管辖。
民国二年（1913年），合州改名合川县。 1950年，合川属川东行署壁山专员公署辖。1951年，壁山专区更名江津专区，合川属江津专区辖。
1952年4月划出合川县城关区增设合川市。1958年1月，经国务院批复，合川市建置撤销，原合川市所辖地域改为合川县城关镇。
1983年3月，重庆市和永川地区合并，合川县属重庆市辖。
1992年8月4日，民政部（民行批[1992]89号）批复同意撤销合川县，设立合川市。
2000年6月26日，重庆市人民政府（渝府[2000]131号）批准同意合川市人民政府驻地由合阳城苏家街31号迁至南津街中南村。
2000年，合川市辖6个街道、50个镇、8个乡。
2001年6月5日，重庆市人民政府同意合川市将原有的50个镇、8个乡、6个街道办事处调整为36个镇、3个街道办事处。调整后，乡镇平均面积由调整前的37.7平方千米扩大至60.7平方千米，乡镇平均人口由调整前的2.2万人增至3.6万人。
2002年，合川市辖3个街道办事处、36个镇，95个居委会、529个村委会。年末户籍总人口150.99万人，其中非农业人口26.32万人。
2005年4月19日，重庆市人民政府《关于合川市行政区划调整方案的批复》同意合川市将36个镇、3个街道办事处调整为27个镇、3个街道办事处。
2006年2月23日，根据重庆市人民政府《关于合川市部分村跨镇调整的批复》又对合川市部分村进行了跨镇调整。
2006年10月22日，国务院批准：撤销合川市，设立重庆市合川区。以原合川市的行政区域为合川区的行政区域，合川区人民政府驻南津街道。
渝公网备50011702500021